Řešené projekty:
Projekt Ministerstva školství, mládeže a tělovýchovy č. ME 876 „Využití umělých mokřadů s přerušovaným vertikálním průtokem pro čištění odpadní vody“ byl zaměřen na výzkum možné aplikace vertikálních umělých mokřadů. Tento druh umělého mokřadu se v zahraničí úspěšně používá pro odstraňování amoniaku z odpadních vod. Experimentální zařízení je umístěno v areálu městské čistírny odpadních vod v Třeboni.
Projekt č. 206/06/0058 “Monitoring těžkých kovů a vybraných rizikových prvků při čištění odpadních vod v umělých mokřadech“ České grantové agentury byl zaměřen na hodnocení eliminace a ukládání těžkých kovů a dalších rizikových prvků v kořenových čistírnách odpadních vod. Výzkum je prováděn na lokalitách Slavošovice (u Třeboně), Břehov (u Českých Budějovic) a Mořina (u Berouna). Experimentální práce probíhaly ve spolupráci s zemědělskou fakultou Jihočeské univerzity v Českých Budějovicích.
Kromě experimentálních prací se ENKI, o.p.s. zabývá dlouhodobě vyhodnocováním účinnosti čištění kořenových čistíren a shromaždování návrhových parametrů jednotlivých kořenových čistíren.